Novos alunos de mestrado e doutorado são normalmente selecionados no final de cada ano (entre novembro de dezembro) para início de estudos em fevereiro/março do ano seguinte. O período de inscrição para os interessados em concorrer a uma vaga no PPGEM é usualmente aberto nos meses de setembro a novembro de cada ano. Os documentos e informações exigidos podem ser enviados por formulário online.
Para participar do processo seletivo, o candidato deve demonstrar domínio da língua inglesa através de certificados emitidos por entidades credenciadas para este fim. Além disso, é normalmente requerida a submissão de um sucinto projeto de pesquisa.
Os detalhes dos processos seletivos são definidos em editais próprios divulgados comumente entre agosto e outubro de cada ano.
Há a possibilidade de concessão de bolsas de estudos para aqueles aprovados nos processos seletivos e que apresentem dedicação exclusiva ao curso. As bolsas de estudos são providas por agências de fomento e sua disponibilidade depende das políticas de cada uma delas.